Немцы заняли Ильинцы 23 июля 1941 г.
Начало оккупации было отмечено волной грабежей еврейских домов немецкими солдатами и местными украинцами. Через месяц был создан юденрат во главе с Гершем Усатинским.

В августе 1941 года евреев переселили в гетто, расположенное в квартале бедняков, недалеко от реки Соб, им было приказано носить белые повязки со звездами Давида. Обитателей гетто унижали, избивали, грабили, они были вынуждены выполнять различные виды тяжелых работ. Многих девушек и женщин насиловали.
Евреи из гетто каждое утро приходили в здание бывшей синагоги на поименную проверку, которую проводили немцы и полицаи.
В начале ноября (или сентябре, согласно некоторым свидетельствам) 1941 г. 40 еврейских мужчин были расстреляны за пределами города.  

В конце осени 1941 года трудоспособные евреи из Ильинцов были перегнаны на территорию совхоза близ села Балашовка, где был создан трудовой лагерь.
Большинство евреев были убиты недалеко от города в нескольких акциях в течении 1942 года. Некоторые сумели скрыться. 15 декабря 1942 года немцы подожгли один из домов, в котором люди пытались спрятаться, все сгорели заживо.
Убийства евреев Ильинцов и окрестностей продолжались до первой половины 1943 года.